MSYS2のバージョンを上げたところ、update-coreコマンドがなくなっていた。 どうやら、5.0.1.6403以降のpacmanはupdate-coreがなくなり、 pacman -Syu を行うと、coreアップデートがあれば、update-coreと同等の挙動をしてくれるようになったようだ。